# 零、前情提要    更多详情可参考[鲲鹏开发者社区](https://www.hikunpeng.com/zh/developer/activities/devcamp)。 # 一、作业题目 利用扫描迁移工具进行源码分析，根据扫描建议修改源码，让源码在鲲鹏平台可以正常编译运行。 # 二、操作前提 ## 1. 认真观看迁移工具的实战视频。 ## 2. 在鲲鹏社区申请[远程实验室](https://www.hikunpeng.com/zh/developer/devkit)，操作系统选择openeuler。 不得不说，远程实验室的配置还是很强大的啊。  申请之后，会收到一封邮件，邮件提供了账号等信息，注意要按照邮件指导，在 vpn 端登录，之后才能使用远程实验室。 **注意，请卸载除官方提供的vpn软件外的其他vpn软件，否则可能即使vpn登录成功，也无法访问，切记！！！这是血泪教训。** # 三、准备工作 按照官方介绍，是打开工具的web网页 ，并进行登录。该web界面的ip地址，账号以及密码等信息在邮件中有详细说明哦。注意如果提示风险，要选择继续哦。  登录后的界面为：  好了，就是先看看哈，验证下可以正常访问远程实验室，后面会用到，这里先来做准备工作，用mobaxterm啊。 下面准备megahit源码。这里简单介绍下哈，megahit是一个超快速和内存高效的ngs汇编程序。它是针对多基因组优化的，但也适用于一般的单基因组组装和单细胞组装。需要注意的是megahit源码包存在大量汇编，后面我们会注意到迁移到鲲鹏平台前需要识别并验证通过“鲲鹏代码迁移工具”迁移后的代码是否正确，以及识别出是否还有“鲲鹏代码迁移工具”遗漏的相关文件。 ## 1. 使用mobaxterm工具，以root用户登录服务器。 就是ssh登录，常规操作了，如果看到类似如下界面，说明登录成功：  ## 2. 进入“鲲鹏代码迁移工具”源码文件存放路径。 ``` cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/ ```  ## 3. 下载megahit源码。 ``` git clone https://github.com/voutcn/megahit.git ```  ## 4. 将代码进行合并。 **注意如下代码不对，正确代码请见这小项最后。** ``` cd megahit/ && git submodule update -init ``` 这里注意不要直接复制[教程中](https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-186128-1-1.html)所给的代码，因为教程中的`-init`中的`-`符号有问题，会报错如下：  或者  其实`-init`中的`-`符号应该是英文下的才对，也可以看到修改后`-init`变为了蓝色，mobaxterm就是强。  但看提示好像还是不太对啊，仔细看会发现打印信息给了提示，应该是`--init`。  ``` cd megahit/ && git submodule update --init ``` 应该是正确运行了，结果如图，没什么打印信息：  ## 5. 创建构建文件夹并进入。 ``` mkdir build && cd build ``` ## 6. 生成makefile文件。 ``` cmake .. -dcmake_build_type=release ``` 注意，这里运行可能报错，如下：  这可能是没有设置`cmake`路径或者没安装`camke`，我们使用如下命令，来看看： ``` cmake --version ```  那来安装一下吧。这里我安装的是`cmake 3.15`，不是最新版哈，下面来介绍下安装，来嘞。 > 获取源码，并解压 ``` wget https://down.24kplus.com/linux/cmake-3.15.3.tar.gz tar -zxf cmake-3.15.3.tar.gz cd cmake-3.15.3 ```  > 编译安装 ``` ./bootstrap --prefix=/usr --datadir=share/cmake --docdir=doc/cmake && make ```  接下来执行命令： ``` sudo make install ```  下面检查是否正确安装，执行如下命令： ``` cmake --version ``` 如果看到如下界面，表示成功了：  好了，接下来可以执行之前的命令了： ``` cmake .. -dcmake_build_type=release ``` 得到运行结果：  ## 7. 修改megahit目录属组。 ``` cd ../ && chown -r porting:porting * ```  # 四、源码迁移 下面是重头戏了哈，使用鲲鹏代码迁移工具进行代码迁移，就是用我们之前打开的web界面，赶紧来试试吧。 **注意，web界面长时间不操作会自动退出登录，需要重新登录** **注意，论坛发帖，编辑帖子时间一长，也会显示保存问题，大家记得及时保存，最好，写一些就发布，之后再编辑，再发布，以免丢了内容（虽然有草稿箱），这都是血泪教学啊，切记！！！** ## 1. 源码分析参数填充  上述参数说明： > 源码文件存放路径： 选择源码包megahit/build，就是之前我们可下载了`megahit`,这个很有意思，点击一下源码文件存放路径的方框，就会弹出一个下滑栏，选择我们的路径即可：  > 目标操作系统： `openeuler 20.03` 这点没问题，这个在申请远程实验室的时候，我们就说了要选这个系统。 > 编译器版本： `gcc 7,3` 这里要说明下，作业帖给的是`bisheng compiler 2.1.0`，应该是毕昇编译器，但没这个选项，那我们就看看具体版本吧，在mobaxterm执行命令： ``` python ``` 可以看到：  嗯，是`gcc 7,3`无疑了。 注意执行如下命令亦可： ``` python3 ```  好了，全选好了，就执行开始分析吧！  这是运行中界面：  这是运行完成的界面：  ## 2. 任务执行成功，查看源码报告。 点击上图中右上角的报告即可查看，可跳转到如图界面：  ## 3. 点击报告源码迁移建议，查看需要迁移的文件。 注意，我这里提示让跳转到最新报告查看，跳转即可，因为之前我运行了一次，如果你是第一次运行，不会有此问题哈。  我们应该依次单击上襦左侧文件列表，查看需要迁移的文件。 根据系统提示的修改建议进行修改，鼠标点击内嵌汇编代码（cpu_dispatch.h）, 可以看到四处待修改点。如图所示的红色波浪线展示的部分。 **注意，我们将光标悬停在待修改代码出，就会弹出修改建议了**  当然，我们能根据给出的建议手动修改，但是还有更便捷的自动修改哦，更快，不过注意自动修改后检查一下。自动修改很简单，在之前光标悬停的基础上，选择`quick fix`，如图所示：  之后在如下图所示的两个选项中任选一个即可。  来看看效果： > 这是第一处的修改后：  > 这是第二处的修改后：  > 这是第三处的修改后：  我们仔细看看这些长段的绿色注释部分，可以看到自动修改已经给出了具体建议。两处修改点所给的建议应该还是准确，直接去掉注释，效果如下：   **最后，千万别忘了点击 保存。要知道，人生悲哀莫过于编辑的文件没有保存啊。**  你以为这就结束了？当然没有，接着来吧！ 根据系统提示进行修改，鼠标移至构建文件（megahit_core.dir/flags.make）待修改点处，可以看到两处待修改点。  这建议很中肯啊，应该是提示kunpeng platform不支持`bmi2`和`popcnt`指令，手动修改代码，删除指令`-mbmi2`和`-mpopcnt`指令。 **这还没完，别忘了，还有一处呢！** 鼠标移至构建文件（megahit_core_popcnt.dir/flags.make）待修改点处，可以看到一处待修改点。  根据建议提示kunpeng platform不支持`popcnt`指令，手动修改代码，删除指令`-mpopcnt`指令。删除后，红波浪线马上就消失了哈。  **还是那句话，千万别忘了点击 保存。** # 五、迁移后重新编译 这里就又回到mobaxterm了。 ## 1. 添加`kunpengtrans.h`头文件 将`kunpengtrans.h`头文件添加到目录/opt/poradv/portadmin/sourcecode/megahit/src/utils。执行如下拷贝命令： ``` cp /opt/portadv/tools/inline_asm/config/kunpengtrans.h /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/src/utils/ ```  ## 2. 再次执行make命令。 ``` cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/build/ && make ``` 见证奇迹的时候到了！  尴尬，报错了，赶紧看看！  显示没有该文件，但这个文件``是`x86`相关的，应该是`x86`平台的系统头文件，而我们用的是鲲鹏处理器，基于`arm`的，本来就没有这个文件哈。下面，执行`vi`命令进入文本，注释11行代码： ``` vi /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/src/kmlib/kmrns.h // #include 改为//#include ``` 对了，在英文模式下，单击键盘上的字母`i`就能编辑了。  退出保存，需要先点击键盘左上角的`esc`键，之后执行： ``` :wq! ``` **再次执行make命令，编译通过。** 注意，编译是比较耗费时间的，大家可以先休息一下，眺望远方，放松下眼睛。编译运行中界面：  `top`命令查看cpu运行情况：  经过大约2分钟的等待，编译完成了，期间运行内存在3.5gb上下浮动。完成界面如下图所示：  # 六、运行和验证 记住啊，目前我们是使用mobaxterm工具，以root用户登录远程实验室的服务器。 ## 1. 下面，进入可执行文件的安装目录。其实，就是当前目录，因为我们之前就是在这个目录编译的，这里是为了再确认一下。 ``` cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/build/ ``` ## 2. 执行以下命令运行： ``` make simple_test ``` 注意：make simple_test里用到的.fa文件是github上下载软件包的时候就自带了，无需额外下载。 运行截图：  最终运行结果展示：  搞定了，完结，撒花！！！ # 结语 **如果是体验过程中，有哪些要反馈或吐槽的？** ## 1.vpn连接 这个vpn算一个，我正在调试程序，居然自己断开了，报错如图所示：  退出vpn再登录也不好用，有点不稳点吧。而且太耽误进度了，我可就差重新编译验证了。好吧，其实我坦白，重新make时报错了，我正准备定位问题，修改呢。正在兴头上，突然就断了？？？ 不过我可能错怪它了，上图报错可能是我本地网络较差，经过重启电脑，等待之后就又能连接上了。 ## 2. 鲲鹏迁移工具的web界面显示文件名称不全 第二个就是鲲鹏迁移工具的web界面了，在源码迁移建议那里无法查看完整文件名称，鼠标悬停也不行，也无法调整显示宽度，有点不友好啊。